根据南通市商品房贷款政策规定，在南通购买二套房首付比例规定如下：
1、对于拥有一套住房且购房贷款未结清的居民家庭首付款比例调整为不低于40%。但是如果拥有1套住房并已结清相应购房贷款的缴存职工家庭，为改善居住条件再次申请住房公积金委托贷款购买普通自住房，最低首付款比例为30%。
2、个人购买二套房的房贷利率为基准利率上浮10%，首付低40%以上，契税缴纳标准为总房款的3%。
3、降低首付比，首套房首付20%取消与余额挂钩限制，职工高可贷50万，一是降低职工申请贷款的连续缴存时间，由12个月以上降到6个月以上，首套房、二套房低首付款比例分别由30%、50%降到20%、30%，减轻职工购房压力。
南通二套房购买注意事项
1、提前了解楼盘情况。如今购买新房虽然简单，有开发商帮忙办理各项手续，但目前大多数的开发商都有合作的银行，并且很多开发商都不愿意甚至拒绝购房者使用公积金贷款。所以购房者在购买房屋之前，还需要问清楚自己看中的楼盘支持哪种类型的贷款。
2、提前向贷款银行咨询。虽然银行的贷款规定都按照国家政策执行的，但是不同的贷款银行在住房贷款的规定上肯定也是存在一些细微的差别的。购房者在购买房屋之前，最好跟当地的贷款银行详细咨询一下，咨询内容主要包括首套房贷利率、二套房贷利率、新商品房利率、二手房利率等。
3、买二套房须得特别注意及早配齐材料，节约办理时长贷款程序环节较多，尤其是产权过户、抵押时间用时较长，及早配齐有关材料，有助于尽早处理完成。当中收益证明资料不容易办理，单身买房者易于忽略单身证明。
